Im Jahr 1559 plante der ehrgeizige Herzog Adolf von Holstein-Gottorf, die unabhängige Bauernrepublik Dithmarschen zu unterwerfen, um seinen Machtbereich zu erweitern und sich wegen einer verlorenen Schlacht zu rächen: Im Jahr 1500 hatten die Dithmarscher Bauern die gefürchtete „Schwarze Garde“ des dänischen Königs in der Schlacht bei Hemmingstedt vernichtend geschlagen und anschließend eine freie Bauernrepublik gegründet.

Heinrich Rantzau erfuhr zuerst von dem Plan des Herzogs und informierte sogleich sein Umfeld. Als die Nachricht auch den dänischen König erreichte, beteiligte dieser sich an dem Feldzug, um bei der Aufteilung der Beute nicht leer auszugehen. Heinrichs Vater übernahm das Kommando über die königlich-herzoglichen Truppen und führte sie zum Sieg über das Bauernaufgebot.

Heinrich Rantzau verfasste ein Buch über diesen Krieg, den er als eine gerechte Strafe gegen die „aufständischen und übermütigen Bauern“ rechtfertigte: Die Dithmarscher sollten „endlich lernen, sich einer wahren und rechtschaffenen Obrigkeit zu unterwerfen…“

Der Feldzug gegen Dithmarschen war der einzige Krieg, an dem sich Heinrich Rantzau beteiligte. Während vielerorts in Europa Kriege geführt wurden, herrschte in Schleswig-Holstein während seiner gesamten Amtszeit Frieden. Er war der Ansicht, ein „beschwerlicher Fried“ sei besser sei als ein gerechter Krieg.

In seinen späten Jahren entwickelte Heinrich Rantzau einen Friedensplan. Darin forderte er, dass Katholiken und Protestanten sich gegenseitig tolerieren und Könige und Fürsten ihre Konflikte nicht durch Krieg, sondern durch Verhandlungen lösen sollten. So sollte ein dauerhafter Friede für ganz Europa entstehen. Der Plan war weitsichtig, doch er ließ sich nicht verwirklichen.